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用mega打开FASTA格式文件，弹出序列比对界面，选择菜单data>export alignment>mega format，保存为mega格式；关闭界面，提示是否打开保存的mega格式文件，确认；弹出数据浏览器界面，选择data>export data，弹出保存设置界面，可以手动调整各种设置，如文件名，其中有一个下拉菜单中的格式，可以选择mega、nexus和phyllip格式，并保存。

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